2026年J2联赛为赛季制转型（春秋制→秋春制）举办的特别赛季，由 J2、J3 两级共 40 支球队联合参赛，赛事分为地域联赛轮与季后赛轮两个阶段，全程无平局、无升降级，以淘汰赛决出最终排名。

40支球队将分为四个小组（东区A组、东区B组、西区A组和西区B组），每个小组有10支球队，进行主客场制双循环赛，每队进行18场比赛。总共360场比赛。
如果90分钟内未能决出胜负，则将进行点球大战来决定比赛结果。

积分制度
90分钟内胜：3分
点球大战胜：2分
点球大战败：1分
90分钟后败：0分
联赛结束，积分多的队名次靠前
如果两队或两队以上积分相等，依下列顺序排列名次
1.净胜球
2.总进球数
3.相互战绩（相互对战积分，相互对战净胜球，相互对战总进球）
4.抽签

淘汰赛制度：

每个小组中排名相同的球队将进行单轮淘汰赛，以确定排名。（各区第一名4支队伍将相互对决以决出总排名第 1 至 4 名，各区第二名4支队伍将相互对决以决出总排名第 5 至 8 名，依此类推）。
首轮比赛将是东区A组球队和东区B组球队；西区A组球队和西区B组球队之间分别对阵，东区A组球队和西区A组球队将作为主队比赛，这两组球队在2025赛季的最终排名中综合排名较高，将获得主场优势。